Роден е на 24 юли 1941 г. във Варна. През 1959 г. завършва средното си образование в родния си град, а през 1967 г.  ВИТИЗ „Кръстьо Сарафов“, специалност „Актьорско майсторство“ в класа на проф. Боян Дановски. По-късно следва философия при проф. Исак Паси и българска филология /1977/ в СУ „Св. Климент Охридски“. През 1989 г. става учредител и член на Радикалдемократическата партия и е член на Изпълнителния ѝ комитет от 1991 г. до 1993 г. Бил е депутат в 36-то и 37-то Народно събрание от 5-ти Видински многомандатен избирателен район. След 1997 г. е посланик на Република България в Узбекистан.

Актьорската кариера на Емил Капудалиев започва още през 1962 г. във Варненския драматичен театър и преминава през театрите в Разград/1967-68/ и Видин/1968-69/, за да приключи в Народния театър „Иван Вазов“/1969-70/. Роли: Фабиано Фабиани в „Мария Тюдор“ от В.Юго, Чудомир във „В полите на Витоша“ от П. Яворов, Намбус в „Абритус“ от Ст. Петров и др.

Във Видинския драматичен театър играе в  пиесите „В полите на Витоша“ /1968/ от Пейо Яворов, в ролята на Чудомир Чипиловски, в „Разходка в събота вечер“ /1968-69/ от Драгомир Асенов, в ролята на Божидар и в „Дъщерята на Калояна“ /1968-69/ от Фани Попова-Мутафова,  в ролята на Анри дьо Анжу.

През 1970 г. е назначен за режисьор в Българската национална телевизия. През 1989 г. е един от учредителите, а в последствие и председател на Съюза на българските телевизионни работници.

Режисьор е на телевизионните филми „Дядо Йоцо гледа“ /1984/, „Под манастирската лоза“ /1985/, „Новото пристанище“ /1989/, на постановката на телевизионния театър „Учителят“ /1989/ и на документалния филм за Георги Калоянчев „Зрителката от десетия ред /1979/. Сценарист е на филма „Скука“ по разказа на Емилиян Станев.

Емил Капудалиев е носител на професионални награди и отличия.

Умира на 11 март 2003 г. в София.