Роден е в гр. Лом, но родовият му корен е от с. Карбинци. Висшето си образование завършва в СУ “Св. Климент Охридски” през 1964 г. специалност “Османистика”. През периода 1975-1992 г. е научен сътрудник в Народна библиотека “Св.св. Кирил и Методий” и от 1978 г. е ръководител  на Ръкописно-документалния ѝ център. През 1992 г. става старши научен сътрудник. Дисертационният му труд е на тема “Муфассал дефтерите от ХV – XVI век”. Бил е преподавател в Шуменския, Пловдивския и Славянския университет и техните филиали, а понастоящем е преподавател във Висшия ислямски институт в София.

Научните му интереси и публикации и преподавателската му дейност са в областта на османската дипломатика, палеографията, епиграфиката, историческата география и филигранологията. Има изследвания върху категориите население със специални задължения в османската империя.

Доц. Стефан Андреев  е автор на над 100 публикации – монографии, студии, статии, сборници, рецензии и преводи. Част от по-значимите му трудове са в съавторство – “Соларството в Българското Черноморие през XV-XIX век” /1982/, “Водни знаци в османотурските документи”-фотоалбум /1983/, “Българите през XVI век” /1986/, “Из историята на рударството и металургията в българските земи през XV-XIX век” /1993/, “Джелепкешаните в българските земи през XVI-XVIII век”/1998/, “Речник на селищните имена и названия на административно-териториални единици в българските земи през XV-XIX век” /2002/ и др.