Иван Стефанов Пастухов е роден на 26 октомври 1876 г. в гр. Севлиево. Брат е на видния политически функционер Кръстьо Пастухов. През 1897 г. Иван Пастухов завършва Софийския университет, специалност „История“. През периода 1897-1918 г. учителства в Севлиево, Брезово, Омуртаг, Варна, Видин, Разград и софия. От 1919 г. до 1922 г. преподава история в Учителския институт в София. Той е един от учредителите и най-активни дейци на Българския учителски съюз. Член на Българската социалдемократическа партия и ръководните ѝ органи. Бил е главен редактор на вестниците „Съзнание“, „Народ“ и „Искра“ и народен представител в XVIII-то /1919-20/ и в XXIV-то /1938-39/ народни събрания. Учредител и член на Географското дружество на България. От 1920 г. до 1930 г. е щатен секретар на Българското историческо дружество.
Иван Пастухов е автор на множество статии и публицистични материали, както в редактираните от него вестници, така и в специализирани и ежедневни издания, а също и на раздели от учебници и помощни материали по история за гимназиалните класове и на методически указания за преподавателите по история. Издава и няколко монографични изследвания – „Римската власт на Дунава“ /1927/, „Старите траки в България“ /1929/, „Турски шпионаж между българската емиграция в Румъния“, „Българска история“ т.1 /1942/ и др. Особен интерес представлява и биографичната му книга „Из преживяното. Спомени, статии, речи“ /2008/.
Умира на 1 май 1961 г. в София.