Роден е на 9 януари 1978 г. във Видин. Средното си образование завършва във Видинската гимназия. На 18 годишна възраст заедно с Георги Атанасов/бъдещият Маестро/ се записва студент в Букурещката консерватория, където учи флейта и оперно дирижиране. Дирижира в Букурещката опера. Специализира в Загребската консерватория и в Брюксел. След завръщането си в България за кратко се установява в София и изнася самостоятелен концерт в „Славянска беседа“. Пристигайки във Видин е назначен за учител по музика във Видинската мъжка гимназия. Учителствал е за кратки периоди и в Сливен, Силистра, Габрово, Карлово, Търново и София. В Габрово издава музикалния журнал „Хармония“, като негов редактор-стопанин. Във Видинската гимназия ръководи ученически хор и оркестър и обучава флейтисти. Паралелно е диригент и на тамбурашкия оркестър към еврейската синагога, за който през 1907 г. закупува пълен комплект нови инструменти.

     Като съучредител и деен участник в работата на Видинското музикално дружество „Китара“ дирижира и двата хорови състава – малък и смесен, и разширява техния репертоар, като смело поставя фрагменти от оперите „Аида“, „Травиата“, „Риголето“, „Ернани“ и др. Непрекъснато изнася концерти, участва в утра, вечеринки, забави и градски тържества. Подготвя изцяло първите оперети на видинска сцена „В кладенеца“ от Вилхелм Блодек и „Кармозинела“ от Виктор Хлендер, както  прави и първия опит за частично представяне на опера – сцена на жреците със специална декорация и костюми от операта „Аида“ на Верди/1907/.

Във Видин той прави опит и за създаване на музикално училище, за което получава подкрепа и от Министерството на просвещението и от местната власт, но за съжаление не успява да осъществи идеята си. Но в създадената от него музикална школа получават първите си уроци – Петър Павлов, професионален флейтист в Софийската филхармония, Аспарух Банкерски, флейтист, професионален оркестрант в САЩ, Тодор Тодоров, Иван Хаджийончев, Георги Паунов, Иван Ставрев и разбира се тримата му сина – Веселин, Асен и Кирил/виж отделни статии/.

   Стефан Вапорджиев е един от учредителите и активен член на Българския музикален съюз и участва с реферати на първия и втория/1904/ му конгрес, на който темата на реферата му е „Значението на музиката в живота“.

     На Първия музикален събор на крайдунавските градове в Силистра през 1910 г. мъжкият хор на дружество „Китара“ под неговото ръководство печели първа награда и сребърен лавров венец. На връщане за Видин хорът пътува с авсрийски кораб, чийто капитан се оказва, че е бил матрос на кораба „Радецки“, когато с него пътува Ботевата чета. Хорът изнася цял концерт за пътуващите пасажери.

     Вапорджиев е автор и на две книги – „Принципите на музикалната хармония“/1903/ и „Три школи: Песталоци, Амадеус и Консерватория“/1928/.

     Умира на 25 март 1929 г. в София.