Роден е на 20 септември 1935 г. в с. Чупрене. Средното си образование завършва в Ломската гимназия, а висше във Висшия лесотехнически институт-София, специалност „Горско стопанство“ през 1963 г. Още същата година по разпределение започва работа в Горско стопанство гр. Гоце Делчев като началник участък. От 1964 г. до 1971 г. заема същата длъжност в Горско стопанство с. Чупрене, след което за една година е на работа в Регионална дирекция по горите в гр. Берковица. През 1972 г. започва работа като уредник към Природонаучен музей в гр. Белоградчик. Музеят официално е открит през 1975 г. и Емил Джунински има основна заслуга за неговото изграждане и аранжиране на стотиците експонати в него, като се превръща в притегателно място за хиляди туристи от страната и чужбина. От 1985 г. до 1987 г. е командирован като етсперт по горите и лова в Дирекция по горите в гр. Тлесмен, Алжир. През 1995 г. е назначен за главен лесничей, а в последствие и като зам.директор и временно изпълняващ длъжността директор на Горско стопанство – Чупрене, където се и пенсионира.

Инж. Емил Джунински има множество публикации в сп. „Лов и риболов“ и в национални и регионални печатни издания на ловна и екологична тема. Автор е и на биографичната книга „Моята лесничейска съдба“/2007/.

Умира на 9 април 2011 г. в с. Чупрене.