Роден е в гр. Лом, но родовият му корен е от с. Карбинци. Висшето си образование завършва в СУ“Св. Климент Охридски“ през 1964 г. специалност „Османистика“. През периода 1975-1992 г. е научен сътрудник в Народна библиотека „Св.св. Кирил и Методий“, а от 1992 г. е старши научен сътрудник. Дисертационният му труд е „Муфассал дефтерите от XI-XVI век“. През 2003 г. назначен за ръководител на Ръкописно-документалния център на библиотеката. Бил е преподавател в Шуменския, Пловдивския и Славянския университет, както и във Висшия ислямски университет в София.

Научните му интереси и публикации и преподавателската му дейност са в областта на османската дипломатика, палеографията, епиграфиката, историческата география и филигранологията. Има изследвания върху категориите население със специални задължения в османската империя.

Доц. Стефан Андреев  е автор на над 100 публикации – монографии, студии, статии, сборници, рецензии и преводи. По-значимите му трудове са в съавторство – „Соколарството в Българското Черноморие през XV-XIX век“/1982/, „Водни знаци в османотурските документи“-сборник/1983/, „Българите през XVI век“/1986/, „Из историята на рударството и металургията в българските земи през XV-XIX век“/1993/, „Джелепкешаните в българските земи през XVI-XVIII век“/1998/, „Речник на селищните имена и названия на административно-териториални единици в българските земи през XV-XIX век“/2002/ и др.